深淵の者・イースレイの南進により引き起こされた北の戦乱から、七年。生き残ったクレアたちは、ピエタに散った仲間の思いを胸に南進を開始、本格的な組織潰しに動き出す。 最後の戦いの前に、ミリア、タバサはラボナに残り、クレアは、シンシア、ユマと共に、七年前に再会を約束して別れたラキの足跡を追って西へ…。その頃、南の地では、深淵の者・イースレイが、組織が覚醒者の血肉で創り出した「深淵喰い」に敗れていた――…。

　西の地についたクレアはリフルの根城へ赴く。そこにはルシエラ×ラファエラの融合体が眠っていた。ラファエラの精神世界に取り込まれ、彼女の全ての記憶を受け継いだクレアだったが、同時にルシエラ×ラファエラの融合体が、真の覚醒を遂げていた。覚醒したルシエラ×ラファエラの融合体は一斉に「断片」を放ち、それが次々と覚醒する。途中ヘレンとデネブが合流し、クレア達は覚醒した断片を必死の思いで切り倒すが、融合体は次の断片を放とうとしていた。

　同じ頃、イースレイを倒した事で勢いついた組織は、リフル殲滅のため・組織のNo.１・２のアリシアとベスを投入していた。アリシアは、圧倒的な力でリフルを追い詰めていたが、双子の方割れ・ベスが最凶の覚醒者・プリシラと対峙した事により、アリシアはリフルを残しベスの元へ。ベスの助けに入ったアリシアは、ベスと連携プレーでプリシラに攻撃をしかけるが、プリシラは事もなげに二人を倒す――…。

　残されたリフルは、そんな戦いの一部始終を、妖気を通じて感じとっていた。しかし、逃げる間もなく、一瞬にして目の前にプリシラが現れる。恐怖で慄くリフル!!プリシラはダフの手足を引きちぎり、内臓をえぐり出す。それを見て激昂したリフルがプリシラに攻撃をしようとしたが、強大無比な力の前に体を貫かれてしまう…!!

　同じ頃、第2弾の「断片」の襲来を受けたクレア達は、射出された「断片」の妖気をひとつひとつ読み取りながら、攻撃をかわしていた。その中で感じた異様な妖気。決して忘れる事のないそれ…。　　

　その瞬間、クレアはその妖気の主に気づいた。 「断片」が降り注ぐ中、悠然と向かってくるプリシラがいた――!!