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ＡＫＵＭＡ―-それは失われた命の復活を願う人の弱い心によって呼び出された魂を、魔導式ボディに閉じ込めることで完成する。このＡＫＵＭＡを製造するのは、世界の終焉を目論む千年伯爵率いる｢ノアの一族｣。そして｢黒の教団｣はその阻止のため永きにわたり戦い続けてきた。教団に属し、ＡＫＵＭＡを破る力を持つ「イノセンス」に適合した戦士「エクソシスト」。その一人、アレン・ウォーカーは、養父をＡＫＵＭＡにした過去を持つ。ＡＫＵＭＡにされた魂を救済する決意のもと、仲間と共に長く険しい戦いに身を投じていた。
そのアレンが「14番目のノア」の記憶を移された宿主であることが、師匠・クロスから明かされた。その上、アレンの養父のマナが14番目のノアの実兄だという事実が判明。ショックを隠しきれないアレンだったが、愛するマナのため決意を一層強くする。しかし、アレンは教団から注視され、中央庁の厳しい監視がつくことに。そして師匠・クロスはまた消息不明になっていた。
そんな中、再び動き出した千年伯爵。各地の教団にノアを送り込み、エクソシスト狩りを始める。そして伯爵は、人造エクソシストを作る「第三エクソシスト計画」が行なわれていた、黒の教団の北米支部を襲撃。アレンはそのピンチに駆け付けるが、神田の脳をイジり、アルマ＝カルマを目覚めさせようとするノア・ワイズリーの魔眼によって、神田の記憶の世界に入ってしまう。そこにいたのは９年前の幼い神田――彼は黒の教団によって製造された第二エクソシストだった。そしてもう一人の第二エクソシストの被験体・アルマは、神田と共に幼少期を過ごし、二人はイノセント適合への苛酷なテストの日々を送っていた。同じ境遇の中、少年達の心に少しずつ芽生えた友情。その未来に待っていた悲劇とは――…!?
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