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ＡＫＵＭＡ―-それは失われた命の復活を願う人の弱い心によって呼び出された魂を、魔導式ボディに閉じ込めることで完成する。このＡＫＵＭＡを製造するのは、世界の終焉を目論む千年伯爵が率いる｢ノアの一族｣。そして｢黒の教団｣はその阻止のため永きにわたり戦い続けてきた。教団に属し、ＡＫＵＭＡを破る力を持つ「イノセンス」に適合した戦士「エクソシスト」。その一人、アレン・ウォーカーは、養父をＡＫＵＭＡにした過去を持つ。ＡＫＵＭＡにされた魂を救済する決意のもと、仲間と共に長く険しい戦いに身を投じていた。
そのアレンが「14番目のノア」の記憶を移された宿主であることが、師匠・クロスから明かされた。その上、アレンの養父のマナが14番目のノアの実兄だという事実が判明。ショックを隠しきれないアレンだったが、愛するマナのため決意を一層強くする。しかし、アレンは教団から注視され、中央庁の厳しい監視がつくことに。そして師匠・クロスはまた消息不明になっていた。
そんな中、再び動き出した千年伯爵。各地の教団にノアを送り込み、エクソシスト狩りを始める。そして伯爵は、人造エクソシストを作る「第三エクソシスト計画」が行なわれていた、黒の教団の北米支部を襲撃。そのピンチに駆け付けたアレンは、ノア・ワイズリーの魔眼によって、神田の記憶の中に意識を飛ばされてしまう。そこにいたのは９年前の幼い神田とアルマ――二人は黒の教団によって製造された第二エクソシストだった!!イノセント適合への過酷なテストの日々の中、ときおり幻覚を見ていた神田。その事実を知った研究員達は、神田が正気を失うと判断し、凍結処分を決定する。それを聞いた、アルマは、神田を救おうと脱走を決行。鴉部隊から追われて失敗するが、アルマは身を呈して神田を用水路に落とし逃がそうとする。用水路を流れ着き、エクソシストのマリに出会った神田。気を失う中、前線で戦うマリの身に沁み込んだ血と死臭の匂いに神田は、ＡＫＵＭＡに殺される、自分ではないエクソシストの記憶を見て…!?
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