真暦71年。人類は生活圏を地球の外――宇宙に拡大。総人口の七割が巨大宇宙都市で暮らしていた。宇宙の領海などを巡って戦いが起こる中、中立の立場にあった小国ジオールは軍事国家ドルシア軍の襲撃を受ける。ジオールの区画・モジュール77にある咲森学園に通うハルトは、目の前でショーコが殺され反撃を決意。突然、目の前に現れた謎の兵器「ヴァルヴレイヴ」と契約し、ドルシア軍の部隊を撃退する。

　モジュール77に残された咲森学園の生徒達は独立を宣言し、中立地帯である月を目指す。ドルシア軍からの攻撃を受け窮地に陥るが、新たに追加したヴァルヴレイヴのパイロットの活躍で、なんとか月へと到着。そして１週間の時が過ぎた…。

　ショーコを救うためヴァルヴレイヴと契約した連坊小路アキラ。しかし引きこもり体質で精神的に不安定な一面がある彼女は、兄と喧嘩しヴァルヴレイヴ６号機に搭乗して宇宙へ飛び出してしまう。そこでドルシア軍の罠に遭遇。アキラは中立地帯から誘い出されてしまいドルシア軍の攻撃の餌食に。その時、援軍のヴァルヴレイヴ４号機が到着。パイロットのサキから自分勝手な行動に走るならパイロットから降りろと言われ、アキラの中にショーコやモジュール７７を守りたいという気持ちが生まれる。迷いが吹っ切れた彼女は敵を見事、撃退し…!?