世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。 　

　家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。 　　

　14番目の記憶の中で目覚めたアレンは、消息不明になっていた師匠クロス・マリアンと再会。アレンはそこで、14番目の宿主としての役目を終えた自分の人格が間もなく消えることを知る。しかし、自分が生きてきた道と、関わってきた人々との記憶に力をもらい、アレンは立ち止まらないと決意。そしてアレンはクロスに導かれ、14番目の記憶の中で聖戦の裏を知る「カテリーナ＝イヴ＝キャンベル」という人物を捜すことになり…!?