
世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。
家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。
アレンとジョニーを探す捜索隊に合流したチャオジーとクロウリー。アレンたちはティエドールと神田に保護され、包囲網から抜け出た後だったため、見つかることはなかった。クロウリーはアレンと戦わなくて済んだことに安心するも、チャオジーはそんな彼に冷たい視線を送って…!?
神田からティムキャンピーが砂になってしまった経緯を聞いたアレン。このまま元帥に連れられ教団に戻ったら、アポクリフォスを知った他のエクソシストがイノセンスに疑心を抱き、咎落ちをしてしまうかもしれないと考える。これ以上友達を失いたくないと考えたアレンは方舟の扉を開き、一人でアポクリフォスの回収に向かうことを決意する。しかしそれに気づいた神田も方舟に飛び込み、ジョニーが気づいた時には2人の姿は忽然と消えて――!?