世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。
家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。
アレンはクロスの助言通り、ネアのことを知るため現実世界へと戻る方法を考え始める。するとそこにジョニーの声が聞こえてくる。自分が傷つけたにも拘わらず呼び続けていてくれたジョニーの声にしたがって、アレンは人の絆を信じ声の場所へ手を伸ばす…。
現実世界のネアとリンクは協力関係になるか、ならないかで揉めていた。ネアはティムキャンピーがアポクリフォスに破壊されたことを伝えられるが、そこに捕らえていた千年伯爵を追ってきたノアたちがやってきて話し合いは中断となる。解放された千年伯爵はマナじゃないと泣き続けていた。ワイズリーはそんな千年伯爵を抱きとめ方舟へ帰るためのゲートを開き…。