
世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。
家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。
アポクリフォスの接触でイノセンスが暴走。アレンの消滅の危機にラビは命を懸けて自らアレンの魂の一部になることを選択する。たくさん自分の話を聴いてくれて旅が本当に楽しかったと語るラビは、父と話をしなくていいのかとアレンに止められるも自分が死ぬことで凶報の子ではない本当のブックマンの後継者が生まれてくるからと、アレンの言葉を振り切り、そのまま魂がひとつになって…。
アレンとラビの交わった魂は、その心と生きた軌跡で強く膨大な螺旋エネルギーとなりイノセンスとせめぎあうことに成功、そのまま球状で停止してしまう。経験したことのない状態に先が予測できず、アポクリフォスが膠着状態を見続けていると1年とすこし経ったところで新しいブックマンの後継者が産声をあげ、さらに7年の時間が過ぎて…!?