
世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。
家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。
「真実の種」を飲み自分の本当の記憶を辿って、髪色が銀に変わったのは先代ラビのものを受け継いだからだと思い出したアレン。意識を取り戻すも毒は全身に回っており、リンクの癒闇蛇(アトゥーダ)でギリギリ命を繋いでいる状態に。見守っていたジョニーは必死にルシアへ解毒薬の処方を頼む。アレンはそんな状態でも彼女が知りたがっていた先代ラビの末路を明かして…。
アレンは先代ラビがずっと自分のそばにいて、魂の一部となったことをルシアに告白。しかし伝えた瞬間倒れてしまい、もう一刻の猶予も許されない状況に。すると彼女の隣にいたハーシムという男が「今の告白が真実ならば尚更死なせてはいけない」と発言。ルシアはアレンを救う決意をし、彼女の発した不思議な音に心地よさを感じたアレンの身体は無事解毒されて――。