世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。
家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。
捕らえたアポクリフォスから「ハート」の情報を聞き出そうとするノアの一族。しかしティキがネアに執着しているから容姿の似た人間に転生したのか、と逆に揺さぶられてしまう。すると、ワイズリーの攻撃で彼の頭が破裂。イノセンスであるアポクリフォスを魔眼で覗いて情報を引き出すことはできないからと彼が再生する前に解き放つことに。ネアの存在が何かを狂わせていると告げるシェリルに対し、ワイズリーはみんなにネアの、記憶がないのは前世のワイズリーが鍵をかけたからと明かす。千年公を失うわけにはいかないからと、ワイズリーは彼らの記憶の鍵を外すと決めて――。
マナの墓にやってきた神田とティエドール。その棺を暴くと、アレンがマナを想って 収めた紙の花だけが遺されており、マナが生きている可能性が…!?