明治十六年。剣心が不殺を誓った流浪人として東京に流れ着いて５年。神谷道場に、剣心の宿敵・志々雄の遺刀「無限刃」を継ぐ青年・明日郎と、白人との混血児・阿爛、更に謎の女・旭を道場に迎え、かくも平穏な日々を過ごしていた。
そんな中、西南戦争で死んだはずの薫の父・越路郎が北海道・函館で生きていることが判明。剣心と薫は越路郎を迎えに函館に行く事を決める。しかし、剣心たちを北の地で待っていたのは、日本中の“猛者”を集め、時には戦乱を故意に引き起こすことで“実戦経験”を積ませ、外国勢力に対する戦力増強を掲げる「劍客兵器」たちとの戦いであった。
五稜郭での戦いを経て、明治政府と劍客兵器は完全に対立。明治政府は元隠密御庭番衆御頭・四乃森蒼紫を作戦総指揮に迎え、劍客兵器の本陣を探りつつ徹底抗戦の構えをとる…!!
四乃森指揮のもと、精鋭部隊が函館山山頂に建てられた劍客兵器の砦を襲撃。砦の指揮をしていた劍客兵器飛號（ヒゴウ）龍勢勇星（タツセ ユウセイ）は、先手を打ち、打ち上げ式の質量兵器を使い、町を攻撃するも元十本刀・飛翔の蝙也が立ちはだかり阻止される。
龍勢は一等級劍星“天下人”を自ら背負い飛び立つことで蝙也に空中戦を挑む。風に乗り揚力で飛び回る蝙也と違い、火薬の力で風を切り飛行機のように飛び回る龍勢は、蝙也を圧倒。蝙也の上方へ飛び出し、見下す。
空にあって、またも自身と空を阻む“壁”を目の当たりにした蝙也は空に憧れた原初の記憶を辿る。体が弱く、床につき天井ばかり見上げていた幼少の蝙也は、ある日事故で井戸に落ち、そこで、舞い上がる蝙蝠と、はるか上空に広がる星の世界を見た…その日から彼は高く、遠いあの星々に少しでも近づくことを目標に、鍛え、削ぎ、生きてきたのだ。
再び飛翔する蝙也。龍勢は自身より高く飛ぶ蝙也にイラだち、追い越す…そうして二人して高度をどんどん上げていき地上からは視認できないほどの遥か上空、決着の刻は訪れる。
最後に“上”にいたのは、両足さえ切り落とし究極の軽量化を果たした蝙也だった。
龍勢を一等級劍星“天下人”ごと爆破し、その爆風に押され、さらに高く舞い上がる蝙也…ついに追い求めた星の世界へその身を届かせた彼は、地上に再び戻ることはなかった――。
