明治十六年。剣心が不殺を誓った流浪人として東京に流れ着いて5年。神谷道場に、剣心の宿敵・志々雄の遺刀「無限刃」を継ぐ青年・明日郎と、白人との混血児・阿爛、更に謎の女・旭を道場に迎え、かくも平穏な日々を過ごしていた。
そんな中、西南戦争で死んだはずの薫の父・越路郎が北海道・函館で生きていることが判明。剣心と薫は越路郎を迎えに函館に行く事を決める。しかし、剣心たちを北の地で待っていたのは、日本中の“猛者”を集め、時には戦乱を故意に引き起こすことで“実戦経験”を積ませ、外国勢力に対する戦力増強を掲げる「劍客兵器」たちとの戦いであった―――!!
五稜郭での戦いは終わった。明治政府と劍客兵器は完全に対立することになり、劍客兵器は実検戦闘を終え、次に表舞台へ出るのは総力戦の時だという。
本土から駆け付けた四乃森が山県からの勅命により北海道事案の全指揮を執ることとなった。そして、明治政府側として劍客兵器が動くより前にこちらから殲滅に動くことになり、気候諸々を計算した四乃森と永倉の提案で、劍客兵器殲滅に動くのは二か月後に決まった。
劍客兵器が一時撤退するも、この先殲滅作戦が始まることも踏まえ、薫からは東京に戻ることを提案された明日郎たち3人組。阿爛も旭もその提案に賛成し、北海道から脱出したほうがいいと言うが明日郎は違った。先の戦いで佐古にまったく歯が立たないばかりか無限刃を奪われ、このままではいられない明日郎は佐古より強くなって無限刃を取り返すと息巻くのだった。
一方…身体が限界を迎え、血を吹き倒れた剣心は未だ目覚める気配がなく――――…。