明治十六年。剣心が不殺を誓った流浪人として東京に流れ着いて5年。神谷道場に、剣心の宿敵・志々雄の遺刀「無限刃」を継ぐ青年・明日郎と、白人との混血児・阿爛、更に謎の女・旭を道場に迎え、かくも平穏な日々を過ごしていた。
そんな中、西南戦争で死んだはずの薫の父・越路郎が北海道・函館で生きていることが判明。剣心と薫は越路郎を迎えに函館に行く事を決める。しかし、剣心たちを北の地で待っていたのは、日本中の“猛者”を集め、時には戦乱を故意に引き起こすことで“実戦経験”を積ませ、外国勢力に対する戦力増強を掲げる「劍客兵器」たちとの戦いであった―――!!
五稜郭にて始まった剣心一行VS劍客兵器。劍客兵器の仕掛けた土煙によって分断され、劍客兵器に手分けをして対処する剣心一行。その中で剣心と、十本刀最強の剣士“天剣”の瀬田宗次郎と相対するは劍客兵器・凍座。彼は「鎮座する氷塊」の如く全身を固め攻撃を無効とする「不動凍奴」を用いることで、剣心瀬田両名の必殺の剣撃を全て受けきった。
凍座が攻勢に移り、剣心と瀬田に迫る。二人は呼吸を合わせ応戦するもその攻撃は無効化され、遂には二人まとめて吹き飛ばされてしまう。
一時的に敵を退けた凍座の視界に、土煙の向こうで行われているほかの劍客兵器たちの戦いの様子が入ってくる。
外装を脱ぎ、女性の姿が露わになった土居潜具羅(ドイ モグラ)は、圧倒的な怪力はそのままに、軽快な身のこなしで左之助&安慈和尚のコンビを翻弄。しかも、この「殺し合い」という状況下で女子供相手となれば、気風のいい喧嘩屋と心優しき坊では本領を発揮しづらい様子…だが、そこへ割って入ったのは永倉新八。戦局に新たな風が吹こうとしていた。
片や、劍客兵器・権宮剛豪(ゴングウ ゴウゴウ)による隠し銃の一斉掃射によって深手を負った本条鎌足と、ブラフにひっかかり“価値のない”人質を掴まされた結果、今まさにトドメの銃撃を待つのみという沢下条張の戦場。躊躇なく引き金を引く剛豪……しかしその銃弾が焔纏う刃によって止められる。
抜かれた刀は「無限刃」。危機に陥る元十本刀の前に駆けつけたのは、かつての頭目の忘れ形見を継承せしめた男、明日郎だった―――――!!