
人間の住む物質界<アッシャー>と悪魔の住む虚無界<ゲヘナ>。本来は干渉することすらできない二つの次元だが、悪魔はあらゆる物質に憑依し、物質界に干渉していた。しかし人間の中には、そんな悪魔を祓う——祓魔師<エクソシスト>が存在していた。燐の父、藤本も優秀な祓魔師だったが、燐を狙ったサタンに憑依され、命を落としてしまう。サタンの血を引く燐は人類の脅威。死を要求される燐だったが、彼は父親と同じ祓魔師として戦う道を選ぶ——!
祓魔師たちは、受肉したサタンを崩壊させることに成功するも、地球そのものと融合をし始めたサタンの心臓は、それを核として巨大な城塞を建造。内部は迷路状となっており、さらにその入り口はイルミナティによって占拠。サタンの城塞迷路を攻略し、その心臓の破壊、もしくは封印をしなければ人類に明日は無い中、祓魔師たちは班分けをして城塞へ突入を開始する!
迷宮を突破した燐たちはサタンの心臓がある城塞の中心へ。サタンの心臓へ急ぐ燐たちだが、妨害者も次々現れる。サタンの心臓封印に欠かせないしえみを先に送り、燐と雪男は腐の王アスタロトと対峙…するも燐の心根を知ったアスタロトの改心により和解。遅れながらもサタンの心臓へ向かう。
一方では、ルシフェルを倒さんとするアーサーと、彼がルシフェルの憑依体となることを危ぶむライトニングが衝突する。アーサーはライトニングから致命傷を受けるも何故か生き返り、奥義を放つことでライトニングを倒した。
意識がかすむライトニングに、アーサーは涙をたたえながら駆け寄る…異常なまでに駆り立てられるルシフェルを討たんとする衝動のまま、阻む相手に振り下ろした刃だが、ライトニングを友と思う心もまた真実であった。友を手にかけた悲しみと衝動の狭間で苦しむアーサーにライトニングがかけたのは、友の勝利を祈る激励の言葉であった。
自身の不透明な出自に、この身を動かす衝動…その決着をつけるべく、アーサーは待ち望んだルシフェルとの一騎打ちへ向かう。
しかしその頃、決戦の地より離れた場所。目を覚ましたイルミナティの誉は、現状がアーサーとルシフェルの一騎打ちが始まるところだと話した祓魔師たちに、計画が「順調」であると語り始める。なんと、イルミナティはサタンの受肉体に“完成品の”エリクサーを使用しておらず、サタンの肉体が崩壊したことも全て計画どおりなのだと言う…では、本物のエリクサーはどこにあるのか。それは、ルシフェルにとって完璧な受肉体「アーサー・A・エンジェル」の体に密かに投与済みであると語られ――――。