螢多朗の教え子・愛依は神の花嫁として死ぬ運命にある。螢多朗達はこれを阻止して神を捕らえ、夜宵が作る悪霊軍団の一員にしようと計画。神との決戦を前にして、夜宵は最大規模の計画──『弑逆桔梗（しいぎゃくききょう）作戦』の決行を提案する。作戦を成功させ、愛依を救うべく一行は京都に向かい、『太歳星君』との戦いの末、勝利する。死ぬ運命にあった愛依の契約を解き、一行は東京へ戻る――。

　夜宵達が去った後の神代家では、地下で現当主・神代総玄が刀を自身に突き刺す姿で亡くなっているのが発見されていた。愛依の父・礼治郎は総玄の霊魂が無いことに気付き、行方を気にかける。
　一方、神代家の地下深くには古い駅と電車があり、そこには愛依の2番目の兄・影玄、車いすの老人・南光坊天海とその車いすを押す女性の姿があった。しかし影玄の中身は総玄で、さらに総玄は完全に体を乗っ取る為に、影玄の魂を食べ、体の持ち主に転生する『反魂の秘法』を行う。そして南光坊天海から渡された、神代家が1000年に渡り祟り殺してきた亡者達の魂も食べ、総玄は力を手に入れるのだった。
　夜宵達は東京へ帰る途中、滋賀県のホテルに泊まる。目的は愛依が新幹線事故に遭った時に神様と戦った、夜宵の母の魂を連れ去った霊『空亡』を捜す為だった。夜宵達は神様と空亡が戦った現場へ向かい謎の肉片を見つける。翌朝になると謎の肉片は、へその緒に似た姿に変貌していた。
　そして東京に帰ってきた一行。愛依は寶月家でしばらく暮らすことに。そして4人はミーティングを開き京都に行く前に保留していた、なり代わり達の問題について話す。夜宵や螢多朗の家には何も起こった痕跡は無かったが、夜宵達しか知らない隠れ家に行くと、夜宵が仕掛けていた罠が持ち去られていた。なり代わり達に隠れ家がバレていたのだ。そこで夜宵達は、なり代わり達と空亡を討つことを目的に、新たな拠点探しと、未回収の卒業生を集め東京の心霊スポットを完全制圧し戦力を拡充させることを決意する。
　夜宵達はレストランで夜宵の9歳の誕生日を祝い、夜宵の両親の墓へ行く。そこで夜宵は螢多朗達に自身の過去を話し始め――!?