高校に進学した遊人（ゆうじん）は、幼いころ敬愛していた祖母と生前した「死んだら幽霊になって会いに来る」という約束が果たされないことから、幽霊を断固信じていなかった。
そんな中、霊媒家業の末裔・虎落（もがり）と出会う。彼は実家から出された普通の高校に通う条件として霊の集まりやすいこの鎌倉で除霊活動をしなければならないという。
霊の見えない遊人だが、虎落の人柄に触れ、霊は信じないが彼のことは信じたいと思い、彼が始める霊退治の部活「ファントムバスターズ」の活動に協力することになるが…!？
呪われていると言われ、誰にも使用されていない部屋があることを知った虎落は「ファントムバスターズ」の部室とすべく、遊人、観崎、多聞を連れて向かう。部室にすると必ず怪我や事故に遭うため、６～７年は空室だった部屋には、600年以上前に死んだ女の子・乙姫がいた。
明るく無邪気な乙姫は、生徒達への危害も自分で望んでいたわけではなく、その部屋から出ることもできずに一人で誰かが来るのを待っていた。
乙姫の「ぎゃるみたいに本物の制服を着て鎌倉観光し、海が見たい」という願いを叶え成仏させるべく、彼女を観崎に憑依させ鎌倉観光をすることに。
鎌倉観光を満喫した乙姫が成仏する一方、虎落の実家では宍喰野の分家が、直系の虎落を殺すために刺客を放って…!?
