明治十六年。剣心が不殺を誓った流浪人として東京に流れ着いて５年。神谷道場に、剣心の宿敵・志々雄の遺刀「無限刃」を継ぐ青年・明日郎と、白人との混血児・阿爛、更に謎の女・旭を道場に迎え、かくも平穏な日々を過ごしていた。
そんな中、西南戦争で死んだはずの薫の父・越路郎が北海道・函館で生きていることが判明。剣心と薫は越路郎を迎えに函館に行く事を決める。しかし、剣心たちを北の地で待っていたのは、日本中の“猛者”を集め、時には戦乱を故意に引き起こすことで“実戦経験”を積ませ、外国勢力に対する戦力増強を掲げる「劍客兵器」たちとの戦いであった。
五稜郭での戦いを経て、明治政府と劍客兵器は完全に対立。明治政府は元隠密御庭番衆御頭・四乃森蒼紫を作戦総指揮に迎え、劍客兵器の本陣を探りつつ徹底抗戦の構えをとる…!!
戦いの最中に倒れた剣心の意識が戻らないまま、対劍客兵器の準備は進む…。
劍客兵器の本陣を探る四乃森は、かの本陣にたまたま迷い込んだのち、生きて逃げおおせたという“陣抜けの男”の捜索を指示し、さらに函館山山頂に築かれた劍客兵器の砦の破壊を明日の日の出後に少数精鋭で開始すると定めた。
一方、五稜郭の戦闘で傷を負った元十本刀たちも療養していたが、最もダメージが大きかったのは蝙也（へんや）であった。自慢の羽も無残な姿になり、自身も全身打撲に両足を砕かれ、とても動ける体ではなかったが、蝙也は構わず羽を直しに向かおうとする。最初は絶対安静を勧める仲間たちだったが蝙也から、より高く飛びたい、空への渇望を聞く。もとより死より信念を選ぶ十本刀の輩たち…それを聞いた以上、彼を止められる由もなかった。
夜が明け、函館山山頂の拠点襲撃直前、劍客兵器が先手を切る。拠点にそびえ立っていた巨大な柱は、それ自体が、上空へ打ち上げて地表へ落とす質量兵器であり、それを指揮するのは劍客兵器飛號（ヒゴウ）龍勢勇星（タツセ ユウセイ）。発射された質量兵器・彗星墜（スイセイツイ）だったが、飛来する影がひとつ…十本刀“飛翔”の蝙也‼
再び空高く舞い上がった蝙也の奇襲攻撃により劍客兵器の先制攻撃は失敗、彗星墜も爆発四散し、函館山山頂拠点破壊作戦開始の狼煙となった―――!!
