明治十六年。剣心が不殺を誓った流浪人として東京に流れ着いて５年。神谷道場に、剣心の宿敵・志々雄の遺刀「無限刃」を継ぐ青年・明日郎と、白人との混血児・阿爛、更に謎の女・旭を道場に迎え、かくも平穏な日々を過ごしていた。
そんな中、西南戦争で死んだはずの薫の父・越路郎が北海道・函館で生きていることが判明。剣心と薫は越路郎を迎えに函館に行く事を決める。しかし、剣心たちを北の地で待っていたのは、日本中の“猛者”を集め、時には戦乱を故意に引き起こすことで“実戦経験”を積ませ、外国勢力に対する戦力増強を掲げる「劍客兵器」たちとの戦いであった―――!!
役人殺しの実検戦闘実行犯の劍客兵器・雹辺 双（ヒョウベ フタツ）を討ち、札幌の実検戦闘は警官隊と抜刀隊、そして元新撰組・斎藤と永倉の勝利で幕を下ろした。
警察は役人殺しの犯人を、警察と軍が共闘で生け捕りにしたことを市民へ大々的に公表。犯人の素性こそ「本土からの流れ者」として濁すも、市民から警察と軍への信頼は強固なモノとなった。一方で、その活躍の裏に元新撰組の二人が関わったことは表に出ず伏せられることに。
そんな中、斎藤と永倉、元御衛士の阿部と加納の4人で、元新撰組の前野が営む女郎屋で酒を酌み交わし、昔話に花を咲かせる。そんな中で阿部は、今後も共に戦おうと誘う永倉に対し、お前たちが嫌いだからと即答で断り、今後は林檎を日本中に広めることにさらに注力し、刀に頼らず世に貢献することを改めて表明するのだった。
ささやかな宴はお開きになり、永倉は厠を理由に前野を連れ二人きりになる。そこで永倉は、未だ不明の劍客兵器へ役人の動向を流した共犯者が前野だと考えていることを言い、詰め寄って…!?
