世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。
家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。
時間は遡り、アレンがまだ「赤腕」と呼ばれ、サーカス団にいた頃。英国・エディンストンを訪れたサーカス団一行。クリスマス間近の雪景色が綺麗なこの街は、アレンが「赤腕」と呼ばれた最後の街、そしてマナと出会った街――。
華やかなショーの裏側で備品の手入れをしていた赤腕。人気のピエロ・コジモに暴言を吐かれ、何度も蹴られ、通りがかった団長からは見世物になりたくなければ、怠けるなと理不尽に責められてしまう。雪が降る中、一人怒りに燃えていた赤腕、そこへ歌が聞こえてくる。歌っていたのは名もわからないもう一人のピエロ、どこかで聞いたことのある歌に気がつくと赤腕は涙を流していて…。