世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。
家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。
千年伯爵であることを忘れネアの帰りを待ち続けるマナと、それを見守るクロス。クロスの目的はマナの破壊を狙うハートのイノセンスから彼を守り、ネアにマナを破壊してもらうこと。そのためマナに近づくものは排除し、ネアの宿主を探しつつ彷徨い続けていたが…。
マナのパフォーマンスに自然と笑みがこぼれた赤腕。周囲もそんな２人を見て笑顔になり、初めてたくさんの笑顔に囲まれた赤腕はなんとも言えない昂揚感に包まれる。そんな彼の前に現れたクロスは「これ以上マナに近づくな、マナに何かしたら殺す」と赤腕を睨みつけ、その場を去る。思わずそんな不審者のことをマナに告げ口すると、クロスをネアだと勘違いしたマナは思わず、彼を追いかける。赤腕はそんなマナの名前を呼びながら急いで追いかけるが、すれ違った人の群れにはマナを狙うハートのイノセンスの姿が!?
