世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。
家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。
ノアの記憶に苦しむロードと相対するクロス。ノアの憎しみに取り憑かれ世界を滅ぼそうとする彼女たちに、ノアに操られず己を救う術を探せと語りかけて…。
サーカス団で雑用に明け暮れる一方、犬のアレンに遊ばれる時間が増えた赤腕。彼に寄り添われ生き物の温かみを感じた瞬間、何か大切な約束を思い出しかけたがすぐに雑用に戻って…。そんな時、マナに嫉妬したコジモがアレンを殺そうと襲い掛かってくる。１人と１匹の必死の抵抗で生き延びた２人、赤腕はアレンに大好きな人と幸せになってほしい、絶対逃げ延びてほしいという思いを込め彼を強く抱きしめて…。翌朝、いつものように雑用を任された赤腕。雪の中、横たわるアレンの前に膝をついて佇むマナを目撃してしまって!?
