世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。
家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。
ティムキャンピーのことを壊したくてたまらない存在だと感じていた在りし日のクロス。幼いアレンから友達同士に見えると言われたが、クロスにとってティムキャンピーは“ある場所”へたどり着くための目印以上の価値はなかった。疎ましくて仕方がないそれへの保険として、唯一ティムキャンピーを破壊することができる「コーネリアの木片」を持ち歩き心の支えにして、アレンと旅を続けていたけれど…!?
突然アポクリフォスが現れ、頭を銃で打ち抜かれたクロス。ずっとお守りにしていた「コーネリアの木片」も奪われてしまった。彼は最期に、ずっと嫌っていたティムキャンピーに何があっても果てまでアレンたちについていって欲しい、道しるべになって欲しいと願って…。