世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。
家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。
ネアを喰らった事実を忘れ、彼を捜しながら“犬の”アレンと大道芸に励むマナ。一方「アレンを目印にマナの元に必ず戻る」と言い残したネアを信じマナを監視し続けるクロスは、夢の使徒・ロードに出会う。突然の再会にお互い腹の探り合いを行うが、クロスが口にした「柱」という言葉にロードのノアメモリーが疼きだす。「柱」は千年伯爵がいつか成るといわれるもの、突然現れすべてを消すノアの復讐すべきもの。ノアの帰る場所を永遠に奪った「柱」を憎むあまり、千年伯爵に「家族」として近づき利用してきたことを指摘するクロス。ロードはノアの記憶に刻まれた絶望を、「柱」によって世界が終わったことを語り始めて――。