世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。
家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。
サーカスの団員に「マナの犬を殺したのは赤腕」「赤腕を罰しろ」と暗示をかけたアポクリフォス。一方赤腕とマナは、いつも騒がしいサーカスのテント周辺に客の姿がないことに違和感を覚えていた。恐る恐る裏口から侵入してみるも、赤腕は団長に捕まりマナの制止を無視して奥まで連れていかれて!?
団長に連れられた赤腕の前には憎きコジモと掘り返されたマナの愛犬・アレンの遺体があった。団長とコジモから「マナの犬を殺したのはお前だ」と責め立てられた赤腕。悲しみがぶり返してしまった様子のマナを心配そうに見つめながらコジモが殺したという真実を訴える赤腕だったが、コジモのにやけ面を目にし、マナとアレンの幸せな時間を壊したコジモへの怒りから動かなかったはずの左腕が覚醒して!?
