
世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。
家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。
フィードラの毒により瀕死のラビを退魔の剣で救ったアレン。先代ブックマンJr.の姉・ジョーと、趣味と実益をかねてルシアに変装中のジョーの末息子・ナーガ、ジョーの下で勉強中の本物のルシアと自己紹介を済ませ、ブックマン一族が求めていた先代ブックマンJr.の顛末を語り始める。そこに目を醒ましたばかりのラビが、重要なネアの宿主であり今までと違う得体の知れない「アレン・ウォーカー」を知るためにも自分が記録(しる)すと告げて…。
真実の種で取り戻せた記憶を全て語ったアレン。さらにネアと対話するため、クロスの指示でカテリーナ=イヴ=キャンベルを探していると話す。するとジョーから魔術で封印されているカテリーナの部屋の存在を明かされる。その扉を開くと行方不明となっていたクロスとロードの姿があり…!?