世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。
家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。
ネアの助言を思い出し、クロスが一番信用していたマザーに電話をかけたアレン。カテリーナ=イブ=キャンベルの情報を問うと、”ある人物”を紹介するようクロスから言伝があったと教えられる。さらに「ウィンダーミアの街に鳩と梟を掲げた『ズーグル』という名の古書店がある、そのマスターが『宿主』を待っているだろう、証となるティムキャンピーをみせな、それが信用を得る唯一の合図だ」と告げられたアレン。キャンベル邸でネアが復活し、宿主「アレン」が消える可能性に気づきながらもこのまま進み続けると決め、隠密に「マナ」の墓とアポクリフォスについて調べる神田、ティエドールと無事の再会を誓って別れることに。自身への疑念を抱きながら、まずはズーグル古書店へ向かったアレン一行。彼らを待ち受けるもの、そしてネアですらまだ至っていない真実とは…!?