世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。
家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。
死にそうなところに現れたネアと願いを叶えてもらう代償に「宿主になる」契約を交わした青年・アレン。傍観者として全てを記録し続けることになんの意味があるのか自分に問いていたところ、自分が存在する意味を探し続けているネアと出会い、共感し、友となったブックマン後継者・ラビ。2人で長い旅をすることになったアレンは複雑な因縁があり、今全てを言葉にしても伝わらないが命を懸けて守るというラビの、何かに押しつぶされるのを耐え、強い光のある瞳にネアを感じて…。
アポクリフォスの強襲を受けたアレン。ネアとの約束を果たすため逃走しようと考えるが彼のイノセンスを受け消えてしまいそうになる。そんな中、飛び込んできたラビ。キミも消えてしまうとなんとか呟いたアレンを強く抱きしめ、これで終わらない、旅はまだ続くと告げて…!?