世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。
家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。
ズーグル古書店を訪れたアレン。「ズーグル」とはブックマンに仕え、その使命を支える者達のこと。そんな彼らの悲願は「アレン」への接触だった。35年前、ネアの死と同時に消息を断った先代ブックマンJr.。ズーグルの記録では、ネアに感化され己の使命を放棄し、宿主となった「アレン」の守り手になったと記されている。ネアと「アレン」が奪った先代Jr.の末路を教えてほしいと告げられ、アレンは…。
記憶と体をアポクリフォスに改ざんされている可能性があるとネアに指摘されたことを打ち明けたアレン。するとズーグルから飲むと命と引き換えに真実を得られると言われる「真実の種」という毒を渡される。「アポクリフォスに奪われたものを取り戻したくはないのか」というズーグルの言葉で決心がついたアレンは、その種を飲み込み真実と向き合うことに…!?