明治十六年。剣心が不殺を誓った流浪人として東京に流れ着いて５年。神谷道場に、剣心の宿敵・志々雄の遺刀「無限刃」を継ぐ青年・明日郎と、白人との混血児・阿爛、更に謎の女・旭を道場に迎え、かくも平穏な日々を過ごしていた。
そんな中、西南戦争で死んだはずの薫の父・越路郎が北海道・函館で生きていることが判明。剣心と薫は越路郎を迎えに函館に行く事を決める。しかし、剣心たちを北の地で待っていたのは、日本中の“猛者”を集め、時には戦乱を故意に引き起こすことで“実戦経験”を積ませ、外国勢力に対する戦力増強を掲げる「劍客兵器」たちとの戦いであった。
五稜郭での戦いを経て、明治政府と劍客兵器は完全に対立。明治政府は元隠密御庭番衆御頭・四乃森蒼紫を作戦総指揮に迎え、劍客兵器の本陣を探りつつ徹底抗戦の構えをとる…!!
戦いの最中に倒れたまま意識が戻らない剣心のもとに、かつて神谷道場で匿ったこともある女医・高荷 恵(たかに めぐみ)が駆けつける。
恵の診察の結果、剣心が目覚めないのは身体的な損傷でなく精神的な疲労によるところが大きいと結論付けられた。戦いを重ねた剣心は予期されていたように体に限界が近いのは間違いなく、現実味を帯びる“最後”を前に恵は薫に、剣心の言う「死ぬまで闘う」「闘いの中で死ぬ」という彼の誓いに対し覚悟ができているのか問う。
薫は今もなお覚悟はあると言うものの、剣路の母としては、少しでも長く父親である剣心に健在でいてほしいと願う気持ちを素直に話す。
一方、劍客兵器の本陣を探る四乃森は永倉と共に、唯一捕らえている劍客兵器・雹辺又佑（ひょうべ またすけ）から、劍客兵器部隊将以外で本陣の場所を知っている可能性のある人物は、3か月前本陣に不測の他所者として入り込み、同胞にもならず、秘匿のための始末の手からも逃れ、生きて抜け出た“陣抜けの男”だけだと聞き出す。
そのころ薫は、剣心が目覚めた時に彼の思う懸念を減らしておこうと、北海道へ来た本来の目的である父・越路郎の捜索を再開する。写真館に頼んでいた情報収集の結果を聞きに訪れると、6年前の西南戦争で彼と戦地で共に戦ったという証言が。不殺の志もと峰打ちで敵陣に突っ込んだという話を聞き、剣心と気が合いそうだと和む薫たちだが……？
