明治十六年。剣心が不殺を誓った流浪人として東京に流れ着いて5年。神谷道場に、剣心の宿敵・志々雄の遺刀「無限刃」を継ぐ青年・明日郎と、白人との混血児・阿爛、更に謎の女・旭を道場に迎え、かくも平穏な日々を過ごしていた。
そんな中、西南戦争で死んだはずの薫の父・越路郎が北海道・函館で生きていることが判明。剣心と薫は越路郎を迎えに函館に行く事を決める。しかし、剣心たちを北の地で待っていたのは、日本中の“猛者”を集め、時には戦乱を故意に引き起こすことで“実戦経験”を積ませ、外国勢力に対する戦力増強を掲げる「劍客兵器」たちとの戦いであった―――!!
五稜郭にて始まった剣心一行VS劍客兵器。修羅場を覆っていた土煙が晴れ、各々の死闘の様子が互いに確認できるようになった。
互いに手の内を知った上で臨むさらなる死闘が此処から始まると告げる凍座。だが、そこに待ったをかけたのは剣心だった。両陣営にとっての本懐を遂げる好機を止めるのは何故かと問う凍座に剣心が指さした先にあったのは、張と鎌足との戦いの末に倒れた劍客兵器・天智(アマチ)であった。
不殺を貫く剣心は、天智の命を救うため双方退く提案をする。しかし上空で待機していた蝙也はその会話が聞こえず凍座へ攻撃を仕掛けてしまうが、何者かに撃墜されてしまう。
蝙也を墜としたのは新たな劍客兵器・飛號(ヒゴウ)龍勢勇星(タツセ ユウセイ)。さらには愛號(エゴウ)田所六郎(タドコロ ロクロウ)、刺號(シゴウ)藪連田蔓茨(スレンダ マンジ)と、続々現れる未知の劍客兵器の中には、劍客兵器に雇われたという闇乃部の佐古の姿まであった。
剣心は凍座が望むならこの場でなければいつ何時であろうと死闘に応じると言うが、凍座は剣心が凍座にとっての「死闘」を「雌雄を決すること」だと思っていることが不満のようで、曰く「心から認め合い魂で讃えあうこと」なのだと言い死闘を続行しにかかる。
今にも続行されんとする死闘は手締めひとつで止められた。その主は劍客兵器部隊将が筆頭・覇號(ハゴウ)寒郷豪人(カンザト ゴウト)…彼は剣心が闘ったことで劍客兵器の脅威度が正しく示されたため、明治政府の責任者たる山県有朋との“直接交渉”が叶ったと言い――――!?