明治十六年。剣心が不殺を誓った流浪人として東京に流れ着いて5年。神谷道場に、剣心の宿敵・志々雄の遺刀「無限刃」を継ぐ青年・明日郎と、白人との混血児・阿爛、更に謎の女・旭を道場に迎え、かくも平穏な日々を過ごしていた。 そんな中、西南戦争で死んだはずの薫の父・越路郎が北海道・函館で生きていることが判明。剣心と薫は越路郎を迎えに函館に行く事を決める。
次の実検戦闘・小樽と札幌を舞台とした二元作戦が迫る中、剣心と左之助…と明日郎、阿爛、旭の三人組は小樽へと馬を走らせる。
旅の同行に不満を持っていた明日郎と旭だったが、阿爛の「手伝うフリをしながら小樽で金を稼ぐ」作戦に乗り、一転意気揚々と参加することに。
日をまたいで小樽に到着した剣心一行。ところが、彼らの目に飛び込んできた「小樽」は、老若男女問わず道行く人々皆が帯刀し殺気立つ異常な街と化していて…!?