明治十六年。剣心が不殺を誓った流浪人として東京に流れ着いて５年。神谷道場に、剣心の宿敵・志々雄の遺刀「無限刃」を継ぐ青年・明日郎と、白人との混血児・阿爛、更に謎の女・旭を道場に迎え、かくも平穏な日々を過ごしていた。
そんな中、西南戦争で死んだはずの薫の父・越路郎が北海道・函館で生きていることが判明。剣心と薫は越路郎を迎えに函館に行く事を決める。しかし、剣心たちを北の地で待っていたのは、日本中の“猛者”を集め、時には戦乱を故意に引き起こすことで“実戦経験”を積ませ、外国勢力に対する戦力増強を掲げる「劍客兵器」たちとの戦いであった―――!!
五稜郭にて始まった剣心一行VS劍客兵器。劍客兵器の仕掛けた土煙によって分断され、劍客兵器に手分けをして対処する中で、剣心と、十本刀最強の剣士“天剣”の瀬田宗次郎が相対するのは、凍座だった。
万全でない剣心に代わり先陣を切った宗次郎だが、まったく斬撃の効かない凍座に、宗次郎は本気…つまり「殺す気」で攻撃すると宣言。“不殺”を誓う剣心の手前、避けていた宗次郎だったが、この男は「殺さないと斃せない」と語り、剣心の制止を振り切り“縮地”の奥義”“瞬天殺”を繰り出す。その刹那、凍座は宗次郎の「闘姿」を「閃光」という形で視る。
次の瞬間さく裂する“瞬天殺”…しかしその刃は凍座の体に切り込むことなく止められ、反撃に移る凍座…と、そこへ割って入った剣心が凍座に二十七頭龍閃を叩き込む!!
剣心渾身の技が直撃した凍座。しかし斃れず、凍座は感激の声をあげる。
劍客兵器が掲げる猛者を育む不運にも地獄を得ることなく、ただただ武者修行に修練に明け暮れ敗北と死線の果てに得た凍座の戦型…名を“不動凍奴”（フドウトウド）。この戦型が猛者に、中でもひときわの最強たる者たちに通じることが証明された瞬間…凍座にとってこれは感激極まりないことであった。
そんな凍座の脳裏によぎるのは、彼が初めて視た「闘姿」。それは凍座自身の「闘姿」であり、その時視た姿が“幻ではなかった”と確証を得た凍座は…!?
