明治十六年。剣心が不殺を誓った流浪人として東京に流れ着いて５年。神谷道場に、剣心の宿敵・志々雄の遺刀「無限刃」を継ぐ青年・明日郎と、白人との混血児・阿爛、更に謎の女・旭を道場に迎え、かくも平穏な日々を過ごしていた。
そんな中、西南戦争で死んだはずの薫の父・越路郎が北海道・函館で生きていることが判明。剣心と薫は越路郎を迎えに函館に行く事を決める。しかし、剣心たちを北の地で待っていたのは、日本中の“猛者”を集め、時には戦乱を故意に引き起こすことで“実戦経験”を積ませ、外国勢力に対する戦力増強を掲げる「劍客兵器」たちとの戦いであった。
五稜郭での戦いを経て、明治政府と劍客兵器は完全に対立。明治政府は元隠密御庭番衆御頭・四乃森蒼紫を作戦総指揮に迎え、劍客兵器の本陣を探りつつ徹底抗戦の構えをとる…!!
四乃森指揮のもと、精鋭部隊が函館山山頂に建てられた劍客兵器の砦襲撃に向かうが、先手を打たれてしまう。
砦にそびえ立っていた巨大な柱が地響きと共に飛び立つ。柱はそれ自体が、上空へ打ち上げて地表へ落とす質量兵器であり、指揮する劍客兵器飛號（ヒゴウ）龍勢勇星（タツセ ユウセイ）の武器でもあった。発射され市街地へ向かう質量兵器・彗星墜（スイセイツイ）だったが、復活した十本刀“飛翔”の蝙也によって撃墜される。
蝙也の横槍に対応するため、龍勢はすかさず第二射を発射。今度は空中で無数の爆弾をばら撒くタイプで蝙也諸共狙うが、蝙也は空中で巧みにすべての爆弾を絡めとりまとめて爆破。完全にいなして見せる。
またも撃ち損じた龍勢は、第三射目となる一等級劍星“天下人”を自ら背負い飛び立つことで蝙也に空中戦を挑む。風に乗り揚力で飛び回る蝙也と違い、火薬の力で風を切り飛行機のように飛び回る龍勢は、蝙也を圧倒し、追い詰める。
一方、函館山に向かおうとする明日郎を阿爛、旭で言いくるめて、一緒に比較的安全そうな裏手へ回っていた3人組は、混乱に乗じて脱出を試みる越路郎とばったり遭遇して…!?
